En lastbilschaufför misstänks ha förlorat kontrollen över sitt fordon och kört in i bilar, minibussar, motorcyklar och marknadsstånd vid en vältrafikerad korsning under fredagskvällen.
Totalt var nio fordon inblandade i olyckan, enligt lokala medier.
Olyckan skedde på motorvägen mellan städerna Kericho och Nakuru, ungefär 20 mil nordväst om huvudstaden Nairobi. Förutom 49 döda har minst 30 personer skadats och förts till sjukhus.
– Olyckan hände på ett ögonblick, många av dem hade ingen tid att fly, säger ett av vittnena, Joel Rotich, till AFP.
– Det var stor förvirring eftersom människor skrek överallt och alla sprang efter olyckan, fortsätter han.
Under lördagen arbetar räddningspersonal fortfarande vid lastbilen, bland annat med att avlägsna kvarlevor från det förstörda fordonet.
Minst 21 760 människor var inblandade i trafikolyckor i Kenya förra året, och 4 690 personer omkom i trafiken under året, enligt myndigheternas siffror.