Det var oppositionsledaren Raila Odinga, som fick 48,9 procent av rösterna, som protesterade mot resultatet och lämnade in en överklagan som Högsta domstolen nu tagit ställning till.
"Det här är ett enhälligt beslut. Överklagan är härmed avslagen" säger chefsdomaren Martha Koome och fastställer Ruto som tillträdande president.
Själva valdagen, den 9 augusti, var lugn, men när siffrorna offentliggjordes en vecka senare utlöstes protester i områden där Raila Odinga har stort stöd.
Innan domstolen meddelade sitt beslut hade dock både Ruto och Odinga lovat att utslaget skulle respekteras.