– Det var avskyvärda och oförsvarliga våldshandlingar som begicks mot kenyaner när de förde en smärtsam kamp för självständighet och suveränitet, sade Charles vid en statsbankett som hölls av Kenyas president William Ruto.
– Och för det kan det inte finnas någon ursäkt.
Det fyra dagar långa statsbesöket har ansetts vara ett tillfälle att blicka framåt och bygga nya, hjärtliga band mellan de två länderna. Buckingham Palace har sagt att kungen ska ta itu med de historiska "oförrätter" som begåtts under decennier av kolonialvälde.
Charles säger att "det förflutnas missgärningar är en orsak till den största sorgen och den djupaste ångern".
– Inget av detta kan förändra det förflutna. Men genom att ta upp vår historia med ärlighet och öppenhet kan vi kanske visa styrkan i vår vänskap i dag, och på så sätt hoppas jag att vi kan fortsätta bygga ett allt närmare band för de kommande åren.
Ruto säger att Charles "mod och villighet att kasta ljus över obekväma sanningar" är ett steg åt rätt håll.
Innan kungens ankomst krävde den kenyanska människorättsorganisationen KHRC en "villkorslös och otvetydig offentlig ursäkt för den brutala och omänskliga behandlingen". På bland annat Facebook lade KHRC också ut krav på "effektiva åtgärder" för att lindra skadorna i gamla kolonier.
Men kungen erbjuder alltså ingen formell ursäkt. En sådan skulle behöva beslutas av Storbritanniens regering, skriver BBC.