Anledningen till beslutet på tisdagen var att en kvinna blivit attackerad av en grupp taxiförare i samband med en trafikolycka i huvudstaden Nairobi.
Gruppen av taxiförare slet i kvinnans kläder, och ofredade henne i angreppen då hon satt i sin bil. En film från händelsen har spridits på sociala medier, och fått presidenten att agera.
"Jag har gett order om att polis ska . . . straffa de skyldiga. Det som vi såg (på filmen) får aldrig hända igen – det är en skam för hela Kenyas samhälle".
Ett hundratal demonstranter har visat sitt missnöje med händelsen och protesterade utanför polisens högkvarter.
Hittills har 16 taxiförare i verksamheten, som lokalt kallas boda boda, gripits. Samtliga förare i landet måste nu söka om sitt registreringsbeslut, enligt president Kenyatta.