– Vi har löst upp gruppen som godtyckligt dödat kenyaner, sade president William Ruto när han presenterade planen.
Specialenheten SSU inrättades för 20 år sedan och har länge varit i fokus för den kritik om överdriven brutalitet som riktats mot polisen i stort.
– Säkerheten har försämrats och polisen har gått från att skydda kenyaner till att döda dem, sade Ruto.
I januari i år hittades minst 39 kroppar i floden Yala, flera av dem med spår av tortyr. Fallet var ett av flera liknande och väckt tillräckligt stor uppmärksamhet för att tvinga polisen att inleda en utredning.
Ruto, som tillträdde i september, anklagar SSU för att ligga bakom dödsfallen och har lovat att reformera landets polis och säkerhetsstyrkor.
– Vi har en plan för att vårt land ska vara säkert och att vi ska undvika skammen att kenyaner dödas lagvidrigt och slängs i Yala och andra floder, sade han.
Enligt organisationen Missing Voices har mer än 1 200 personer dött av polisvåld i landet sedan 2007, och över 200 har försvunnit.