– Två kroppar med skottskador har registrerats i bårhuset, säger sjukhuschefen George Rae till nyhetsbyrån AFP.
Tidigare under onsdagen angav landets inrikesdepartement att över 300 personer har gripits och minst tolv personer skadats.
Polisen har använt sig av tårgas mot demonstranter i flera städer.
Oppositionsledaren Raila Odinga har lett flera protester mot regeringen sedan mars i år. Nu har han manat till tre dagars landsomfattande protester i syfte att sätta press på landets president William Ruto att vidta åtgärder mot de skenande levnadskostnaderna.
Bara under onsdagen har över 300 personer gripits, enligt inrikesministern Kithure Kindiki.
Regeringen anklagar i sin tur oppositionen för att skapa kaos och sätta käppar i hjulen för de försök som görs för att förbättra ekonomin.
Över tio personer har dött i de tidigare protesterna.
I augusti förra året förlorade Raila Odinga presidentvalet mot Wlliam Ruto med knapp marginal. Raila Odinga hävdar att valfusk låg bakom Rutos seger och att dennes regering är olaglig. Anklagelserna har avvisats av landets rättsväsende.