Beskedet utlöste gatuprotester i huvudstaden Nairobi samt i staden Kisumu där oppositionsledaren Raila Odinga har ett starkt stöd. Demonstranter tände eld på bildäck och kastade sten mot polisen, som använde tårgas för att skingra protesterna.
Demonstranterna anklagar William Ruto för att ha vunnit valet med hjälp av valfusk.
Enligt IEBC:s ordförande Wafula Chebukati fick Ruto nästan 7,2 miljoner röster, vilket motsvarar 50,5 procent. Hans rival, Raila Odinga, fick 48,9 procent.
Splittrad valkommission
Strax innan resultatet presenterades gick valkommissionens vice ordförande och tre andra av kommissionens representanter ut med att de inte kunde stödja resultatet.
Kommissionens splittring kom efter att man från Odingas håll uppgett att resultatet inte kunde verifieras, och det framfördes anklagelser om oegentligheter i valet, utan att detaljer eller bevis presenterades.
77-åringen Odinga har tidigare ställt upp Kenyas presidentval. Han har anklagat sina motståndare för att ha fuskat i valen 2007, 2013 och 2017, och menar att han då fråntagits vinsten.
"Måste göra om valet"
Samtidigt som solen gick ned i staden Kisumu befann sig ett stort antal demonstranter i en rondell, och blockerade vägar med krossade stenar.
– Regeringen måste lyssna på oss. De måste göra om valet, sade demonstranten Isaac Onyango samtidigt som tårarna rann från hans ögon efter att polisen använt tårgas.
Stämningen var dock helt annorlunda i staden Eldoret där resultatet istället firades, och människor gick omkring med affischer på William Ruto.
– Det här är segern för alla människor som är på botten ekonomiskt. Vi vet att han kommer vara personen som kommer att lyfta oss, sade Winnie Ndalut.
Ruto: Inget utrymme för hämnd
Vicepresident William Ruto lovar att arbeta med "alla ledare", i ett försök att lätta på spänningarna.
– Det finns inget utrymme för hämnd, säger Ruto.
Nu återstår att se om Raila Odinga tar ärendet till domstol för att bestrida resultatet i valet som hölls för en knapp vecka sedan.