Kinas utrikesminister Qin Gang och Honduras motsvarighet Eduardo Enrique Reina deltog i invigningen, enligt statliga kinesiska CCTV.
Honduras etablerade formella band med Kina i mars, och blev då det senaste i raden av länder som har brutit sina diplomatiska kontakter med Taiwan.
Kina ser självstyrande Taiwan som en del av landets territorium och uppger att man en dag ska ta över ön, med våld om nödvändigt. Kina har de senaste åren markerat allt hårdare mot länder som knyter formella band med Taiwan.