Landets nationella säkerhetskommitté säger i ett uttalande att Akajev "levererats" till huvudstaden Bisjkek, men beskriver inte närmare hur han förts dit efter att ha bott 16 år i Ryssland.
Fysikern Akajev ledde Kirgizistan från 1990 till 2005, och byggde upp ett system som präglades av svågerpolitik och korruption. Han avsattes 2005 efter omfattande demonstrationer mot valfusk och flydde landet.
Han anklagas enligt säkerhetskommittén för korruption i samband med affärer kring landets stora guldgruva Kumtor. Det är oklart om den nu 76-årige expresidenten riskerar att gripas.
Gruvan, som stod för 12,5 procent av landets BNP förra året, är ofta i centrum för konflikter mellan regeringen och oppositionen. Regeringen tog tidigare i år kontroll över gruvan, som fram till nyligen drevs av det kanadensiska företaget Centerra Gold.