Minst en person på vardera sida skadades efter skottlossningen, som inleddes när tadzjikiska styrkor gick in i ett område båda länderna gör anspråk på.
De två länderna har haft en utdragen konflikt om området, samt en vattenreservoar inom detta.
I fjol dödades över 50 människor vid den omstridda gränsen.