Beslutet klubbades på fredagen vid ett möte med FN:s internationella sjöfartsorganisation IMO i London. Målet är att klara netto noll klimatpåverkande utsläpp "till eller runt" 2050. Den lite flytande formuleringen kring tidpunkten är avsedd att ta hänsyn till olika länders förutsättningar.
I planen ingår även minskningar till mellan 20 och 30 procent fram till 2030 och och minst 70 men helst 80 procent till 2040.
Flera länder runt Stilla havet hade med stöd av bland andra Kanada, USA och Storbritannien krävt ambitiösare mål.
IMO:s generalsekreterare Kitack Lim beskriver avtalet som "på många sätt en utgångspunkt för ett arbete som behöver intensifieras ytterligare de år och decennier som ligger framför oss".
I planen ingår även att införa pris på utsläpp av växthusgaser och att öka användning av gröna drivmedel.
Flera miljöorganisationer uttryckte besvikelse. "Det finns en tydlig skillnad mellan dem (IMO:s målsättningar) och de som slås fast i Parisavtalets viktiga 1,5-procentsmål. En diskrepans som vi inte har råd med", säger Harjeet Singh från Climate Action Network International.
Sjöfarten svarar i dag för runt tre procent av utsläppen av växthusgaser, enligt IMO.