Han kommer därefter dock att fortsätta på posten som interimspremiärminister.
– Jag avgår inte för att avgå, utan för att nyval ska kunna hållas, säger han i ett videomeddelande publicerat på sociala medier.
Parlamentsval ska hållas den 20 juni i år.
Armenien kastades in i en djup politisk kris i november sedan Pasjinian skrivit under en överenskommelse om vapenvila med grannlandet och ärkefienden Azerbajdzjan efter medling från Ryssland.
Många såg detta som en nationell förödmjukelse.
Vapenvilan kom till stånd sedan den långvariga konflikten om utbrytarregionen Nagorno-Karabach i Azerbajdzjan i fjol blossade upp i fullskaligt krig.