Ombord fanns också ett 80-tal överlevande – men de kommer inte att släppas in på indiskt territorium, enligt landets utrikesdepartement.
FN slog tidigare i veckan larm om att båten hade försvunnit sedan den lämnat Cox's Bazar i Bangladesh den 11 februari. I området lever hundratusentals människor ur folkgruppen rohingya som har flytt dödliga attacker och svåra förhållanden i grannlandet Myanmar.
Efter fyra dagar till havs gick båtens motor sönder och mat och vatten tog slut, enligt indiska utrikesdepartementet. Passagerarna — varav 23 är barn — kommer nu att transporteras tillbaka till Bangladesh.