Ett projektilnedslag ska ha resulterat i att det tog eld i en cistern, men inga dödsfall har rapporterats.
Depån ligger i Jizan, i södra Saudiarabien.
Energidepartementets uttalande pekar inte ut någon för attacken. Den saudiskledda militärallians som stöder regeringssidan i kriget mot Huthirebellerna i Jemen uppgav tidigare att man hade lyckats stoppa flera drönarattacker från rebellerna.