Beslutet har fattats mot bakgrund av risken för nya attacker mot den, uppger frivilligorganisationen.
Förlossningskliniken angreps av beväpnade män som sköt ihjäl 24 människor, däribland mammor med sina nyfödda barn.
MSF:s generaldirektör Thierry Allafort-Duverger säger att organisationen aldrig förväntat sig att en förlossningsavdelning skulle attackeras.
"Men det hände. I dag har vi accepterat verkligheten. Högre murar och tjockare säkerhetsdörrar kommer inte att förhindra att liknande fruktansvärda attacker inträffar igen", säger Allafort-Duverger i ett uttalande.
Ingen grupp har sagt sig ligga bakom attacken. USA har pekat ut den terrorstämplade jihadistgruppen IS lokala gren, samtidigt som Afghanistans regering skyller på talibanerna som dock nekar till inblandning.
Kliniken erbjöd gratis förlossningsvård till kvinnor med komplicerade graviditeter.