Minst 105 personer dödades när sprängmedel och ammunition detonerade efter en brand i söndags.
Över 600 personer skadades i explosionerna som ödelade flera bostadshus i närheten.
President Teodoro Obiang Nguema säger i ett uttalande att militären agerat "vårdslöst" genom att förvara ammunition och dynamit så nära bostadsområden.
Det spansktalande västafrikanska landet räknas som en av världens mest hårdföra diktaturer och är en av de mest slutna staterna på den afrikanska kontinenten.