Händelsen ägde rum på lördagen vid en gränsstation mellan Jerusalem och Palestinska myndighetens huvudstad Ramallah på Västbanken.
Kvinnan rapporteras ha varit 28 år och enligt både israeliska och palestinska medier var hon palestinier.
Enligt den israeliska polisen uppmanades kvinnan vid upprepade tillfällen att stanna innan vakterna sköt.