Fordonet slets itu i samband med explosionen och bland dödsoffren återfinns en gravid kvinna och en ung flicka.
"Den här fega och barbariska händelsen skedde då ambulansen transporterade människor till Ouagadougou", säger regeringens talesperson Ousseni Tamboura.
Precis som grannländerna Mali och Niger har Burkina Faso skakats av jihadistiskt motiverat våld och sedan 2015 och mer än 1 200 personer dödats. Så sent som den 22 februari dog två kvinnor efter att deras vagn hade kört på en vägbomb i norra Burkina Faso.