Två personer dödades i staden Sarail sydöst om huvudstaden Dhaka på söndagen, då demonstranter drabbade samman med polis som öppnade eld.
Demonstranterna, främst anhängare av den hårdföra islamistiska gruppen Hefazat-e-Islam, anklagar bland annat Modi för att ha orsakat religiösa spänningar och uppmuntrat till våld mot muslimer i den indiska delstaten Gujarat 2002 som ledde till 1 000 människors död.
Tiotals har skadats i våldsamheter mellan demonstranter och polis på söndagen och minst 13 personer har de senaste dagarna fått sätta livet till.
Modi var på besök i Dhaka under fredagen och lördagen med anledning av att Bangladesh firar 50 år av självständighet.