Myndigheter uppger att upp till 130 personer kan ha mist livet i oroligheterna.
Sudan har utlyst undantagstillstånd i Darfur och skickat militär till området.
Den oroliga regionen är regelbundet skådeplats för våldsamma konflikter, ofta mellan bofasta jordbrukare och nomadiserande boskapsskötare, och framför allt om mark och tillgång till vatten. I januari dödades minst ett 80-tal personer i sammandrabbningar i staden El Geneina nära gränsen till Tchad.
I de senaste sammandrabbningarna har arabiska grupper hamnat i konflikt med masalitiska folkgrupper, uppger FN-organet Ocha.
Den långdragna konflikten i Darfur bröt ut 2003 och har lett till 300 000 människors död, enligt FN. Omkring 2,5 miljoner människor har tvingats på flykt undan striderna.