Domen i december konstaterade flera flagranta problem med Ungerns asylprocess. Ett exempel är hur asylsökande som kommit in i Ungern via Serbien tvingats tillbaka till Serbien.
Ungern har dessutom förbjudit asylsökande att befinna sig i landet under processen att granska asylrätt. Många har även tvingats till speciella "transitområden".
– Våra gemensamma mål att skydda EU:s yttre gränser kan bara bli framgångsrik om vi försäkrar oss att alla samarbetar enligt EU:s lagar, säger Chris Borowski. Han är talesperson för Frontex med bas i Warszawa i Polen.
EU-kommissionär Ylva Johansson skrev på Twitter på onsdagen att hon välkomnar beslutet.