Minst 15 liv har krävts och omkring 500 personer har skadats.
Det handlar om en olycka där dynamit var inblandat, uppger president Teodoro Obiang Nguema Mbasogo i ett tv-uttalande.
Han tillägger att vårdslöshet ligger bakom händelsen.
Tv-bilder visar skadade och döda dras ut ur rasmassor efter explosionerna.
Invånare i staden har uppmanats att donera blod.
På basen är bland annat militära specialstyrkor och det paramilitära gendarmeriet stationerade.
Bata är med sina 800 000 invånare det västafrikanska landets största stad.