Händelsen ska ha inträffat nära staden Bougouni i söder, ett tiotal mil från gränsen till Elfenbenskusten och Guinea.
Regionen har plågats av stridigheter mellan olika fraktioner under en längre tid. Rivaliteten handlar delvis om konflikter mellan jägare och boskapsskötare i området, som tillhör den så kallade Sahelregionen där brist på bördig mark och laglöshet utgör stora problem.
I augusti utsågs översten Assimi Goita till landets nye president. Goita ledde i fjol den militärkupp som störtade den tidigare regeringen och har sedan dess varit vicepresident i den regering som styrt i väntan på de val som utlysts till nästa år.
Övergångspresident Ba N'Daou och premiärminister Moctar Ouane frihetsberövades i måndags och fråntogs sina poster innan de i torsdags frigavs.