Stormningen, som ägde rum natten mot onsdagen, avbröts när vakter öppnade eld mot angriparna som tog till flykten.
– Ett antal personer inom armén har frihetsberövats. De låg bakom stormningen, berättar en källa till AFP.
Attacken ägde rum två dagar innan den nya presidenten Mohamed Bazoum skulle sväras in, i den första demokratiska maktövergången i Niger sedan 1961.
Bazoum tog hem segern i valet i februari. Sedan dess har islamistiska grupper utfört flera terrorattentat. Protester till stöd för den föregående presidenten Mahamane Ousmane har också ägt rum.