Aris Sumarsono, mer känd under namnet Zulkarnaen, greps i Lampung på södra Sumatra efter att ha befunnit sig på fri fot i nästan 18 år. Enligt indonesisk militär var 57-åringen ledare för den al-Qaida-kopplade rörelsen när Baliattentaten genomfördes.
Zulkarnaen har varit en av Indonesiens mest eftersökta män och fanns även på USA:s lista över eftersökta terrorister, med en belöning på upp till fem miljoner dollar för upplysningar som kunde leda till hans gripande.
Han misstänkts också för inblandning i ett självmordsdåd mot ett lyxhotell i Jakarta 2003, där tolv människor miste livet.
Jemaah Islamiyah bildades av indonesiska militanter i exil i Malaysia på 1980-talet. Terrorrörelsen anses bland annat ha varit drivande i det etniska och religiösa våld som tidigare plågade de indonesiska ögrupperna Sulawesi och Moluckerna, där tusentals dog mellan 1998 och 2002.