Kritiken kommer i samband med de nya samtalsrundorna som inleddes under måndagen angående det kontroversiella dammbygget.
Etiopien meddelade under förra veckan att dammen fylls på snabbt tack vare en nederbördsrik regnperiod. Egypten och Sudan menar dock att dammen fylls på utan deras godkännande.
"Kastar skugga"
Etiopiens agerande "kastar skugga över samtalen och ställer många frågor om genomförbarheten för den nuvarande samtalsriktningen och möjligheten att nå en rättvis överrenskommelse," enligt ett uttalande av Egyptens vattenmyndighet.
Sudans vattenmyndighet meddelar att påfyllandet av dammen är "ett sårande och oroväckande prejudikat gällande samarbetet mellan de inblandade länderna."
Nya samtal i augusti
Motsättningarna uttrycktes samma dag som Afrikanska unionen (AU) tillkännagav att de kommer medla i de samtal mellan parterna som planeras i augusti.
Medlarmötet ska ledas av Sydafrika, som för närvarande är ordförande i samarbetsorganisationen AU. Förhandlingarna ska behandla "olösta frågor", enligt Sudans vattenminister Yasser Abbas.
Etiopien har tidigare motsatt sig, i flera samtal ledda av AU, ett legalt bindande ramverk för att lösa problem som rör dammen.