Enligt försvarsdepartementet genomfördes angreppet i Khan Abad-distriktet som ett svar på en talibanattack mot regeringsstyrkor.
Extremiströrelsen skriver i ett uttalande att 23 civila dödats och att inga talibaner finns bland dödsoffren.
Enligt myndigheter har minst tolv civila dödats och över tio personer skadats.
– Det första angreppet träffade talibanernas bas men det andra resulterade i civila dödsoffer då människor samlats på platsen, säger parlamentsledamoten Fatima Aziz som representerar Kunduz-provinsen.
För en vecka sedan inleddes fredssamtal i Qatars huvudstad Doha mellan representanter för regeringen och talibanerna.