Enligt en israelisk polistalesperson tvingades polisen svara när "upprorsmän" kastade stenar, flaskor och andra föremål mot dem.
Företrädare för palestinska Röda Halvmånen säger att flera av skadade palestinierna hade träffats huvudet och i ögonen av den gummimantlad ammunition som avfyrats av poliserna.
Sammandrabbningen började i slutet av fredagsbönen – som var den sista under årets fastemånad ramadan.
Oroligheter och våldsyttringar har skett nästan varje kväll under ramadan i Jerusalem – en stad som är helig för muslimer, kristna och judar och som hyser heliga platser som al-Aqsamoskén, Tempelberget, Klagomuren och Heliga gravens kyrka.
Tidigare under fredagen meddelade israelisk gränspolis i Västbanken att man skjutit två palestinier till döds och skadat en tredje efter att de attackerats av palestinierna.