Journalisten är en av 80 journalister som uppges ha gripits av militär vid protester mot juntan.
Statliga medier i Japan säger att anklagelserna mot journalisten lagts ned sedan Japan begärt att han skulle släppas.
Frilansjournalisten Yuki Kitazumi greps i april och hölls i fängelset Insein i Rangoon, där många regimkritiker hålls.
Fler än 780 personer har dödats av säkerhetsstyrkor sedan kuppen i februari.