Kontakten med ubåten, som ingick i en militärövning där torpeder skulle användas, gick förlorad på onsdagen då fartyget befann sig utanför ön Balis kust.
– Det stämmer att vi förlorat kontakt med KRI Nanggala 402, säger amiral Julius Widjojono.
Indonesien vände sig omedelbart till Singapore och Australien för hjälp i sökandet, samtidigt som området för försvinnandet granskades. Även Indiens försvarsdepartement har kontaktats.
– Vi söker fortfarande i vattnen utanför Bali, omkring tio mil från kusten, säger landets militärchef Hadi Tjahjanto.
Han uppger till Reuters att kontakten bröts klockan 4.30 på onsdagsmorgonen. Tidigare uppgifter har gjort gällande att kontakten gick förlorad klockan 3.
Försvarsdepartementet har meddelat att man sett spår av olja på en plats där ubåten tidigare valt att gå ned i djupet. Spåren upptäcktes från en helikopter.
Enligt ett uttalande undersöker två krigsfartyg med sonarutrustning nu området, skriver Reuters. Försvinnandet ska ha skett norr om Bali.
– Vi känner till havsområdet, men det är djupt, säger amiral Widjojono.
Ubåten – som byggdes i Tyskland 1978 – skulle genomföra torpedövningar med skarp laddning när befälet bad om att få dyka med ubåten.
"Sedan tillåtelse givits enligt regler, så förlorade vi kontakt med ubåten. Kontakten återupprättades inte", skriver försvarsdepartementet.
