Minst sex palestinier skadades under kvällen, uppger palestinska Röda halvmånen. Men lördagens oroligheter blev inte lika våldsamma som tidigare kvällar, enligt en AFP-journalist på plats.
Minst ännu en raket har också avfyrats mot Israel från Gazaremsan, enligt den israeliska armén.
– Framför allt vill vi säkerställa att lag och ordning respekteras... Nu kräver vi att lagarna efterlevs och jag uppmanar alla sidor att besinna sig, sade Israels premiärminister Benjamin Netanyahu tidigare under dagen, efter ett extrainkallat krismöte med bland annat landets arméchef.
Men han varnade också att Israel är "förberett på alla tänkbara scenarier" sedan Israel besvarat Hamas beskjutning från Gazaremsan under natten mot lördag.
Ovanligt spänt
Läget har varit ovanligt spänt mellan israeler och palestinier i Jerusalem sedan den muslimska fastemånaden ramadan inleddes den 13 april. I torsdags eldades spänningarna på av en marsch som anordnades av den judiska extremistgruppen Lehava, där anhängarna gick in i östra Jerusalem och ropade "död åt araberna".
Oroligheterna i staden har sedan fortsatt och spridit sig till Västbanken.
36 raketer
Palestinier anklagar polisen för att försöka stoppa dem från att träffas för att bryta fastan genom att spärra av ett område vid Damaskusporten i Jerusalem. Israeler har å sin sida upprörts av videoklipp i sociala medier som visar unga palestinier som attackerar och trakasserar ultraortodoxa judar i staden. De har följts av attacker mot israeliska araber och palestinier.
Hamas som styr i Gaza har uttryckt sitt stöd för de palestinska protesterna och enligt den israeliska armén sköts 36 raketer från Gaza mot Israel under natten mot lördagen. Raketbeskjutning som Israel besvarade från bland annat luften, uppger armén. Det finns inga uppgifter om att någon har skadats.