Kvar i fängelset finns bara ett hundratal fångar, enligt borgmästaren Modeste Bakwanamaha.
Fritagningen skedde under natten mot tisdagen och tillskrivs den islamistiska extremistgruppen ADF, som är verksam i området.
Kvar i fängelset finns bara ett hundratal av de över tusen intagna, enligt Bakwanamaha. Parallellt med attacken mot fängelset gick gruppen även till angrepp mot en angränsande militärbas med ansvar för att skydda det.
ADF är aktiv i det konfliktdrabbade östra Kongo-Kinshasa sedan 90-talet och uppskattas av FN ha dödat fler än 1 000 civila bara sedan i fjol.
Terrorrörelsen IS hävdar att dess "centrafrikanska gren" ligger bakom fritagningen. Det är inte första gången IS påstår att ADF genomfört attacker i dess namn. FN-utredare har dock uttryckt att de återkommande uppgifterna om kopplingar mellan ADF och IS är överdrivna och ibland inkorrekta.