Mannen ska ha skjutits då han var ute och körde bil med sin fru i Bir Nabala. Enligt israeliska armén försökte mannen ramma en vägspärr.
"Soldater vid vägspärren fick syn på ett fordon som stannade och sedan plötsligt accelererade mot en annan grupp soldater i närheten, på ett sätt som hotade deras liv. Soldaterna svarade med att öppna eld för att avvärja hotet", skriver armén i ett uttalande.
Palestinska utrikesdepartementet fördömer militärens agerande och kallar det inträffade för "en avrättning".
I måndags kväll drabbade palestinier samman med israeliska soldater i samma område, enligt den palestinska nyhetsbyrån Wafa.
Israel ockuperar Västbanken sedan sexdagarskriget 1967.