Händelsen ses som en milstolpe för hbtq-rättigheter i Asien.
Totalt vigdes 188 par under massceremonin i Taoyuan, och för första gånger fanns två homosexuella militärer bland dem som ingick äktenskapsband. Paren lyckönskades av Taiwans arméchef, och försvarsdepartementet kallade det för en "öppen och progressiv" handling.
– Jag hoppas att homosexuella ska synliggöras så att folk förstår att vi också är en del av vardagen, sade major Wang Yi som brast ut i tårar efter att ha mottagit sitt äktenskapsbevis.
– Detta är ytterligare ett steg framåt för militären, sade löjtnant Chen Ying-Hsuan, som gifte sig med Li Li-Chen.
– Jag hoppas att fler samkönade par får mod att komma ut.
I fjol blev Taiwan först ut i Asien att legalisera samkönade äktenskap, och sedan dess har 4 000 homosexuella par vigts. På lördagen planeras också en Prideparad i huvudstaden Taipei som genomförs sedan Taiwan lyckats stoppa coronautbrottet i landet.