Den omfattande rapporten, som tog över fyra år att sammanställa, släpptes förra veckan och pekar ut 19 nuvarande och före detta soldater som skyldiga till 39 mord på civila och fångar i Afghanistan under den militära insatsen i landet. Soldaterna har inte namngivits offentligt, men de kan komma att åtalas för mord av australiska åklagare.
De 13 soldater som nu avskedas har två veckor på sig att överklaga beslutet, innan det verkställs.
– Vi är alla beslutsamma att lära oss av granskningen och att bli en starkare, bättre och effektivare militär genom att ta oss igenom det här, säger generallöjtnant Rick Burr.
Australiens militär lämnade Afghanistan 2013.