"En ukrainsk diplomat, konsuln på Ukrainas generalkonsulat i Sankt Petersburg Alexander Sosonyuk, har gripits av ryska säkerhetstjänsten", skriver FSB i ett uttalande.
Gripandet skedde i fredags. Enligt ukrainska UD hölls diplomaten kvar i ett antal timmar, men ska nu vara tillbaka på konsulatet i Sankt Petersburg.
Sosonyuk kommer nu att utvisas, enligt Dmitrij Novikov, förste vice ordförande i statsdumans utrikesutskott.
Den redan bottenfrusna relationen mellan regeringarna i Moskva och Kiev har försämrats ytterligare de senaste veckorna, då Ryssland mobiliserat vid gränsen mot Ukraina.