Försvarsminister Diego Molano skriver på Twitter att militären "oskadliggjort" 13 personer. Tre av dessa ska vara skadade.
Den attackerade gruppen består av före detta Farc-medlemmar som inte vill följa det fredsavtal som gerillan och regeringen slöt 2016 varpå Farc avväpnades.
Attacken ägde rum utanför staden Calamar i norra Colombia, där utbrytarfraktioner med sammanlagt omkring 2 500 medlemmar har tagit upp vapnen igen. I fredags sjösatte regeringen en offensiv där 7 000 elitsoldater ska bekämpa rebellerna.
Fler än nio miljoner människor har antingen dödats, försvunnit spårlöst eller drivits på flykt i den nära 60 år långa konflikten mellan colombianska staten och Farc, den mindre vänstergerillan ELN och högerextrema milisgrupper.