Touadéra fick 53,9 procent av rösterna, vilket innebär att det inte blir någon andra valomgång.
En av motkandidaterna, Anicet-Georges Dologuélé, som fick 21 procent av rösterna, kallar valet för "en fars" och säger till nyhetsbyrån AFP att det "förekom många oegentligheter och många fall av fusk".
Upptakten till valet den 27 december skakades av våldsamheter. Enligt officiella siffror förekom inget valdeltagande alls i 29 av landets 71 underprefekturer.
Den 63-årige Touadéras regering kontrollerar bara omkring en tredjedel av den tidigare franska kolonin, medan en allians av rebeller sedan den 19 december kontrollerar resten av landet. Rebellerna sägs stödjas av Francois Bozizé – expresidenten som avsattes och är internationellt efterlyst för mord och tortyr – och Touadéra har anklagat Bozizé för att försöka genomföra en kupp, något den senare förnekat.
Under måndagen uppgavs åklagare ha börjat undersöka Bozizés roll i försöken att störa valet.
I söndags intogs staden Bangassou i södra delen av landet av rebeller. FN, som har över 12 000 personer i fredsbevarande styrkor i CAR, uppger att det på måndagen var lugnt i staden, men att medarbetare vid flera hjälporganisationer har sökt skydd hos FN.