Enligt New York Times och Washington Post organiserade Prince 2019 en kraftigt beväpnad styrka med legosoldater för att stötta krigsherren Khalifa Haftar. Syftet var att söka upp och döda motståndare till Haftar, refererar AFP uppgifter till de båda tidningarna.
Erik Prince har, enligt New York Times, inte samarbetat med FN-rapportens författare och hans advokat har inte velat kommentera anklagelserna.
Haftar ville ha bort den FN-stödda regeringen i Libyen. Han styr i den östra delen av landet, och den FN-stödda regeringen i huvudstaden Tripoli.
Donald Trump prisade 2019 Haftar för dennes sätt att bekämpa terrorism.
Prince är en kontroversiell person, tidigare elitsoldat och grundare av det kritiserade Blackwater. Just före sin avgång benådade Donald Trump fyra av företagets anställda som hade dömts för att ha dödat obeväpnade civila irakier i Bagdad 2007.
Prince är också bror till Trumps utbildningsminister Betsy de Vos.