En tredje solddat skadades explosionen som ägde rum i Tessalit i regionen Kidal.
De franska soldaterna ingick i den franskledda Opération Barkhane som har som huvudsyfte att bekämpa extremislamister i det afrikanska landet.
Under helgen har det också pågått samtal mellan Malis nytillträdda militärjunta och företrädare från civilsamhället.
Samtalen, som leds av juntaledaren överste Assimi Goita, är tänkta att fokusera på landets återgång till civilt styre, men de ackompanjerades av högljudda protester ute på huvudstaden Bamakos gator.
Tongivande i protesterna var företrädare från koalitionen M5-RFP som hävdade att de medvetet uteslutits från samtalen medan andra grupper fått gräddfil.
– Det här stinker ruttet. Nationalkommittén för folkets frigörelse, CNSP, är med i alla samtal. Vi är bara med i ett, säger M5-RFP-anhängaren Moussa Ouattara som samlats med andra upprörda utanför ett av de konferensrum där samtalen hålls.