46-åringen närvarade då domstolens utslag lästes upp på torsdagen.
Ongwen står åtalad på totalt 70 anklagelsepunkter och kan komma att dömas till livstids fängelse. Domstolen beslutar om straffet i ett senare skede.
Ongwen var befälhavare i gerillagruppen Herrens motståndsarmé (LRA), som grundades 1987 och leds av Joseph Kony. Gruppen, som i dag i praktiken är besegrad, har gjort sig skyldig till våldsamma övergrepp mot civila i Uganda.