Vapenstilleståndet träder i kraft från och med midnatt mot söndagen, meddelar ländernas respektive utrikesministrar i ett gemensamt uttalande.
Attacken mot Azerbajdzjans näst största stad inträffade natten mot lördagen och följdes av ett angrepp mot den militärt strategiska staden Mingecevir. Båda städerna ligger norr om Nagorno-Karabach, och enligt Azerbajdzjan var det frågan om robotattacker.
Över tio personer dödades i attacken mot Gjandzja, enligt den azeriska sidan, medan ytterligare tiotals skadades. En medarbetare till Azerbajdzjans president Ilham Aliyev uppgav under natten på Twitter att minst 20 hus förstörts.
– Vi sov och barnen tittade på tv. Alla hus här omkring har förstörts, det ligger många människor under rasmassorna, några är döda, andra är skadade, säger Rubaba Zhafarova, vars hus förstördes.
Stepanakert beskjuten
Även utbrytarregionen Nagorno-Karabach utsattes sent på fredagskvällen för angrepp trots den bräckliga vapenvilan mellan parterna. Både huvudorten Stepanakert och en näraliggande stad besköts med granater av azeriska styrkor, enligt det regionala styret.
Nyhetsbyrån AFP:s utsända rapporterar att bland annat taket på ett köpcenter träffats under beskjutningen.
– Det som skedde här är sanslöst, säger den armeniska kvinnan Gayane Gharibyan som bor i staden.
Ryska nyhetsbyrån Interfax rapporterar att strider utkämpats längs utbrytarområdets gränser på lördagen.
Macron välkomnar
Nyligen uppnåddes ett skört eldupphör mellan parterna i konflikten om Nagorno-Karabach. Ryssland har tillsammans med USA och Frankrike i den så kallade Minskgruppen tagit en medlarroll i konflikten, men Moskva har samtidigt en försvarspakt med Armenien.
Azerbajdzjan stöds å sin sida av Turkiet.
Frankrikes president Emmanuel Macron välkomnar i ett uttalande från presidentens kansli lördagens besked om att Armenien och Azerbajdzjan enats om ett vapenstillestånd. Han understryker att vapenvilan måste vara villkorslös och uppmanar båda sidor att strikt följa överenskommelsen.
Före nattens attacker hade åtminstone cirka 600 människor, varav över 70 civila, dödats sedan striderna bröt ut för drygt två veckor sedan. Siffrorna är inte fullständiga.
Det är ofta svårt att få fram oberoende bekräftelser på de båda sidornas uppgifter om dödade och skadade, likaså om vem som inlett eller besvarat en attack.