Avtalet satte stopp för ett sex veckor långt krig med grannlandet om den azeriska utbrytarregionen Nagorno-Karabach, som styrts av armeniska separatister.
Tusentals människor dödades i striderna, som ledde till att Azerbajdzjan tog kontrollen över en stor del av territoriet.
Avtalet den 9 november innebar att den azeriska sidan kunde överta ytterligare områden, något som lett till vrede i stora delar av Armenien, där protester genomförts mer eller mindre dagligen sedan dess.
Omkring 10 000 människor deltog i lördagens protester på Frihetstorget i huvudstaden, där slagord som "Nikol – förrädare" och "Armenien utan Nikol" var bokstaverade på plakaten.
Pasjinian har meddelat att han inte har några planer på att avgå.