De FN-anställda som dödades under tisdagens våldsamheter var två indier och en marockan, uppger polischefen Paul Ngoma. En av dem var FN-soldat och två militärpoliser som tjänstgjorde för FN, meddelar den fredsbevarande styrkan Monusco.
Ännu en FN-anställd skadades allvarligt. Dessutom skadades flera demonstranter.
"Angripare tog med våld vapnen från Kongos nationella polis och sköt på nära håll mot våra fredsbevarande styrkor", lyder ett uttalande från Monusco som starkt fördömer attacken.
Krossade fönster
Demonstrationerna mot närvaron av FN:s fredsbevarande styrka Monusco började under måndagen. Minst fem människor dödades i samband med protesterna och stormningen av FN:s huvudkontor i Goma i östra Kongo-Kinshasa, meddelar regeringen dagen efter.
Hundratals demonstranter krossade fönsterrutor och plundrade lokalerna, medan FN-personal flydde i helikoptrar och säkerhetsstyrkor avfyrade tårgas mot angriparna. Även FN:s logistiska center som ligger utanför staden stormades.
Minst fem dödades och omkring 50 skadades, skriver regeringens talesperson Patrick Muyaya på Twitter.
Stormningen fördömdes av FN:s representant på plats.
Oroligheterna fortsatte på tisdagen. Demonstranter utanför logistikcentret i Goma bar plakat med texten "Hejdå Monusco", med syftning på FN:s fredsbevarande styrka.
Oroligheter sprids
Även i städerna Beni och Butembo i Norra Kivu-provinsen uppstod protester mot FN, med ytterligare dödsoffer som följd.
Demonstranterna kräver att FN:s fredsbevarande styrka lämnar landet.
Monusco har kritiserats lokalt för vad som anses vara ett misslyckande över att stoppa striderna i landets konflikthärjade östra delar. Den är en av världens största fredsbevarande operationer.
Över 120 beväpnade grupper huserar i regionen, där massakrer mot civila är vanligt förekommande och miljoner människor tvingats fly.