Helikoptern besköts under en flygning mot provinshuvudstaden Goma i Norra Kivuprovinsen. Ytterligare en person ombord skadades, men helikoptern kunde ta sig till Goma där den landade.
FN-uppdraget Monusco utreder vem som låg bakom attacken, men Monuscos talesperson Amadou Ba sade att man ännu inte vet anledningen till beskjutningen och den exakta platsen där attacken utfördes.
Flera militanta grupper och upprorsrörelser är aktiva i regionen som är rik på mineraler. Oroligheterna har flera gånger förvärrats till regelrätta, intensiva inbördeskrig de senaste decennierna.
Det senaste året har den militanta gruppen M23 erövrat stora landområden som gruppen fortfarande kontrollerar. M23 håller ställningar nära provinshuvudstaden Goma.
Ledare i Östafrika manade på lördagen till omedelbar vapenvila i regionen under ett möte i Burundi. Men försök att finna en långvarig lösning på de väpnade konflikterna, inklusive en så kallad vägkarta till fred som framförhandlades i Angola i somras, har hittills misslyckats.