De fritagna är kvinnor, åldringar, barn och unga, och ska ha använts som mänskliga sköldar av ADF, enligt en talesperson för armén.
Milisgruppen anklagades i slutet av maj för att ha dödat minst 50 civila och attackerat ett flyktingläger i provinsen Ituri vid gränsen till Uganda, som de kontrollerar.
ADF är förkortning för Allied Defense Forces – gruppen har sina rötter i engelskspråkiga Uganda. Den tros ha kopplingar till IS och ses som den dödligaste av de många väpnade milisgrupperna i det mineralrika östra Kongo.