Sammanlagt runt 50 kroppar tros ligga i gravarna, enligt talespersonen Farhan Haq.
Upptäckten gjordes när FN-trupper patrullerade provinsen Ituri, där lokalbefolkningen drabbats av flera våldsamma attacker av Codeco-milisen, som har beskyllts för en rad etniskt motiverade massakrer i området.
– Monusco (FN:s fredsbevarande styrka) uppmanar det kongolesiska rättssystemet att undersöka attackerna och se till att de ansvariga ställs inför rätta, säger Farhan Haq.
Provinsen Ituri gränsar till Uganda där våldet har ökat de senaste veckorna efter att en lärare dödats och olika etniska grupper har utfört hämndaktioner mot varandra. Enligt människorättsgrupper har minst 80 människor mist livet i attackerna sedan nyår.