Mukwege meddelade sin kandidatur vid ett möte i huvudstaden Kinshasa på måndagen. Han sade att hans mål är att rädda landet som plågats av osäkerhet och bristfälligt ledarskap.
– Det går inte bra för vårt land. Vi kan inte vänta med att handla. I morgon är det redan för sent, sade 68-åringen.
Han utmanar sittande presidenten Felix Tshisekedi i valet den 20 december, då även val till parlamentet hålls.
Rikligt prisad
Mukwege grundade 1999 Panzisjukhuset i Bukavu där offer för sexuellt våld i det krigshärjade landet kan få vård. För sitt arbete mot sexuellt våld i konflikter belönades han 2018 med Nobels fredspris. Han delade priset med den yazidiska människorättsaktivisten Nadia Murad.
Han har också belönats med Palmepriset och Right Livelihood-priset.
Vid sidan av sitt engagemang för drabbade kvinnor har Mukwege gjort sig känd som en vass kritiker av regeringen och han har byggt upp en lojal skara anhängare bland intellektuella i Kongo-Kinshasa.
Fler kandidater
Spekulationer om att han vill ställa upp i presidentvalet har cirkulerat i flera månader och i mitten av september meddelande han att hans anhängare har skänkt en summa motsvarande 100 000 dollar, vilket krävs som deposition för att kandidera.
Förutom sittande presidenten ställs han emot Martin Fayulu, som gjorde ett misslyckat försök att bli vald 2018, och två tidigare premiärministrar, Augustin Matata och Adolphe Muzito.
Affärsmagnaten Moise Katumbi väntas också kandidera innan tidsfristen för att offentliggöra kandidatur löper ut den 8 oktober.