Över 30 civila har dödats i striderna den senaste tiden i främst Ituriprovinsen, sade Stéphane Dujarric som är talespersonen för FN:s generalsekreterare António Guterres.
Läget är "förbryllande" sade Dujarric på en presskonferens, då de olika gruppernas attacker är svåra att följa i den geografiskt enorma provinsen.
En av grupperna, Codeco, är en löst sammansatt milis besående av främst stridande från folkgruppen lendu. Minst 20 civila har dödats den senaste tiden av gruppen som försöker kontrollera allt större områden i regionen. Våldsamheter bryter bland annat ut när de beväpnade grupperna kräver skatt från lokalbefolkning.
I december dödades enligt FN över 30 civila av Codeco.
Motståndare i striderna är delvis gruppen Zaire, en milis från folkgruppen hema som säger sig försöka stoppa Codecos framfart.
Parallellt genomför den beväpnade gruppen ADF, med kopplingar till den islamistiska terrorrörelsen IS, attacker mot både civila och internationella fredsbevarande styrkor.
Men FN och FN:s fredsbevarande styrkor har svårt att få en tydlig översikt över konflikten i Ituriprovinsen, eller över striderna i grannprovinsen Norra Kivu där ytterligare en rebellgrupp, M23, för närvarande genomför en offensiv med många civila som offer.
Sammanlagt beräknar FN att det finns över 120 beväpnade grupper i regionerna i östra Kongo-Kinshasa.