Beskedet kommer bara några veckor efter att det förra ebolautbrottet bedömdes vara avslutat.
Förra veckan meddelade WHO att landet utredde ett misstänkt ebolafall. Ett prov från en kvinna som avled den 15 augusti i staden Beni i Norra Kivu-provinsen har nu visat positivt resultat, enligt uttalandet från hälsodepartementet. Testet visar att fallet har kopplingar till en tidigare variant av viruset från 2018.
Runt 160 personer har identifierats som nära kontakter till kvinnan.